Antimicrobial peptides in the seedling transcriptome of the tree legume Peltophorum dubium

Dublin Core

Título

Antimicrobial peptides in the seedling transcriptome of the tree legume Peltophorum dubium

Tema

BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUIMICA
2021

Abstract

Antimicrobial peptides (AMPs) play an essential role in plant defense against invading pathogens. Due to their biological properties, these molecules have been considered useful for drug development, as novel agents in disease therapeutics, applicable to both agriculture and medicine. New technologies of massive sequencing open opportunities to discover novel AMP encoding genes in wild plant species. This work aimed to identify cysteine-rich AMPs from Peltophorum dubium, a legume tree from South America. We performed whole-transcriptome sequencing of P. dubium seedlings followed by de novo transcriptome assembly, uncovering 78 AMP transcripts classified into five families: hevein-like, lipid-transfer proteins (LTPs), alpha hairpinins, defensins, and snakin/GASA (Giberellic Acid Stimulated in Arabidopsis) peptides.
No transcripts with similarity to cyclotide or thionin genes were identified. Genomic DNA analysis by PCR confirmed the presence of 18 genes encoding six putative defensins and 12 snakin/GASA peptides and allowed the characterization of their exon-intron structure. The present work demonstrates that AMP prediction from a wild species is possible using RNA sequencing and de novo transcriptome assembly, regarding a starting point for studies focused on AMP gene evolution and expression. Moreover, this study allowed the detection of strong AMP candidates for drug development and novel biotechnological
products.

Fuente

Biochimie v.180.2021. -- p.1-14

Editor

Elsevier

Fecha

2021

Derechos

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Formato

PDF

Idioma

Inglés

Tipo

Artículo

Identificador

https://doi.org/10.1016/j.biochi.2020.11.005

Document Item Type Metadata

Original Format

PDF
Fecha de agregación
July 19, 2021
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Etiquetas
, ,
Citación
Rodríguez Decuadro, Susana Beatriz., “Antimicrobial peptides in the seedling transcriptome of the treelegume Peltophorum dubium,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed December 8, 2021, http://riquim.fq.edu.uy/items/show/6280.
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