In vitro and in silico analysis of the Aspergillus nidulans DNA-CreA repressor interactions

Dublin Core

Título

In vitro and in silico analysis of the Aspergillus nidulans DNA-CreA repressor interactions

Tema

ASPERGILLUS NIDULANS
BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUIMICA
2014
HONGOS

Abstract

The CreA protein mediates carbon catabolite repression in the fungus Aspergillus nidulans. Its DNA-binding domain belongs to the Cys2-His2 class, binding specifically to a 5' SYGGRG 3' nucleotide sequence. EMSA experiments showed that the CreA(G27D) mutation resulted in a 30-fold increase of the Kdiss, and footprinting revealed a altered pattern of protein/DNA contacts. We modeled the CreA and the CreA(G27D) complexes in silico. A 15 ns molecular dynamics simulation of the solvated CreA(G27D) and CreA models was carried out using the MOE 2007.09 suite and the Amber99 force field. We have focused our analysis in residues Arg14, Glu16, His17, and Arg20 and Arg44, Asp46, and Arg50, previously, shown to be responsible for the specific contacts of the two Zn fingers. The electrostatic and the total potential energies showed the CreA(G27D) mutation to decrease the affinity of the complex, in agreement with the Kdiss's values. The in silico approach highlighted the role of the inter-finger linker. We identified several differential structural characteristics of the CreA and CreA(G27D)/DNA complexes and observed that the latter resulted in a lower dynamic flexibility of the complex.

Autor

Scazzocchio, C.

Fuente

Journal of Biomolecular Structure and Dynamics v. 32, no 12, 2014. -- p. 2033-2041

Editor

Taylor and Francis

Fecha

2014

Derechos

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Formato

PDF

Idioma

Inglés

Tipo

Artículo

Identificador

DOI: 10.1080/07391102.2013.843474

Document Item Type Metadata

Original Format

PDF
Fecha de agregación
December 5, 2014
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Citación
Esperón, Patricia, “In vitro and in silico analysis of the Aspergillus nidulans DNA-CreA repressor interactions,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed December 5, 2022, http://riquim.fq.edu.uy/items/show/2143.
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