Improved Homology Model of the Human all-trans Retinoic Acid Metabolizing Enzyme CYP26A

Dublin Core

Título

Improved Homology Model of the Human all-trans Retinoic Acid Metabolizing Enzyme CYP26A

Tema

ACIDO RETINOICO
ENZIMAS
ACOPLAMIENTO MOLECULAR
BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUIMICA
2016

Abstract

A new CYP26A1 homology model was built based on the crystal structure of cyanobacterial CYP120A1. The model quality was examined for stereochemical accuracy, folding reliability, and absolute quality using a variety of different bioinformatics tools. Furthermore, the docking capabilities of the model were assessed by docking of the natural substrate all-trans-retinoic acid (atRA), and a group of known azole- and tetralone-based CYP26A1 inhibitors. The preferred binding pose of atRA suggests the (4S)-OH-atRA metabolite production, in agreement with recently available experimental data. The distances between the ligands and the heme group iron of the enzyme are in agreement with corresponding distances obtained for substrates and azole inhibitors for other cytochrome systems. The calculated theoretical binding energies agree with recently reported experimental data and show that the model is capable of discriminating between natural substrate, strong inhibitors (R116010 and R115866), and weak inhibitors (liarozole, fluconazole, tetralone derivatives).

Autor

Awadalla, Mohamed K. A.
Alshammari, Thamir M.
Eriksson, Leif A.

Fuente

Molecules v. 21, 2016. -- 13 p. e21030351

Editor

MDPI

Fecha

2016

Derechos

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Formato

PDF

Idioma

Inglés

Tipo

Artículo

Identificador

doi:10.3390/molecules21030351

Document Item Type Metadata

Original Format

PDF
Fecha de agregación
April 21, 2016
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Etiquetas
, ,
Citación
Awadalla, Mohamed K. A., “Improved Homology Model of the Human all-trans Retinoic Acid Metabolizing Enzyme CYP26A,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed May 31, 2020, http://riquim.fq.edu.uy/items/show/3891.
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