Complete genome sequence of the potato pathogen Ralstonia solanacearum UY031

Dublin Core

Título

Complete genome sequence of the potato pathogen Ralstonia solanacearum UY031

Tema

PLANTAS
BACTERIAS
RALSTONIA SOLANACEARUM
BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUIMICA
2016

Abstract

Ralstonia solanacearum is the causative agent of bacterial wilt of potato. Ralstonia solanacearum strain UY031 belongs to the American phylotype IIB, sequevar 1, also classified as race 3 biovar 2. Here we report the completely sequenced genome of this strain, the first complete genome for phylotype IIB, sequevar 1, and the fourth for the R. solanacearum species complex. In addition to standard genome annotation, we have carried out a curated annotation of type III effector genes, an important pathogenicity-related class of genes for this organism. We identified 60 effector genes, and observed that this effector repertoire is distinct when compared to those from other phylotype IIB strains. Eleven of the effectors appear to be nonfunctional due to disruptive mutations. We also report a methylome analysis of this genome, the first for a R. solanacearum strain. This analysis helped us note the presence of a toxin gene within a region of probable phage origin, raising the hypothesis that this gene may play a role in this strain’s virulence

Autor

Guarischi-Souza, Rodrigo
Puigvert, Marina
Coll, Núria S.
Valls, Marc
Setubal, João C.

Fuente

Standards in Genomic Sciencesv. 11, 2016. -- p. 1-8

Editor

BioMed Central

Fecha

2016

Derechos

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Formato

PDF

Idioma

Inglés

Tipo

Artículo

Identificador

DOI 10.1186/s40793-016-0131-4

Document Item Type Metadata

Original Format

PDF
Fecha de agregación
May 6, 2016
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Etiquetas
, ,
Citación
Guarischi-Souza, Rodrigo, “Complete genome sequence of the potato pathogen Ralstonia solanacearum UY031,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed February 24, 2021, http://riquim.fq.edu.uy/items/show/3959.
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