The SIRAH force field : a suite for simulations of complex biological systems at the coarse-grained and multiscale levels

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Título

The SIRAH force field : a suite for simulations of complex biological systems at the coarse-grained and multiscale levels

Tema

SIRAH
DINAMICA MOLECULAR
GRANO GRUESO
BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUIMICA
2023

Abstract

The different combinations of molecular dynamics simulations with coarse-grained representations have ac quired considerable popularity among the scientific community. Especially in biocomputing, the significant speedup granted by simplified molecular models opened the possibility of increasing the diversity and complexity of macromolecular systems, providing realistic insights on large assemblies for more extended time windows. However, a holistic view of biological ensembles’ structural and dynamic features requires a self-consistent force field, namely, a set of equations and parameters that describe the intra and intermolecular interactions among moieties of diverse chemical nature (i.e., nucleic and amino acids, lipids, solvent, ions, etc.). Nevertheless, examples of such force fields are scarce in the literature at the fully atomistic and coarse-grained levels. More over, the number of force fields capable of handling simultaneously different scales is restricted to a handful. Among those, the SIRAH force field, developed in our group, furnishes a set of topologies and tools that facilitate the setting up and running of molecular dynamics simulations at the coarse-grained and multiscale levels. SIRAH uses the same classical pairwise Hamiltonian function implemented in the most popular molecular dynamics software. In particular, it runs natively in AMBER and Gromacs engines, and porting it to other simulation packages is straightforward. This review describes the underlying philosophy behind the development of SIRAH over the years and across families of biological molecules, discussing current limitations and future implementations.

Autor

Soñora Grecco, Martín
Santos, Lucianna Helene
Frigini, Ezequiel Nazareno
Machado, Matías Rodrigo

Fuente

Journal of Structural Biology v.215, n°3, 2023. -- e107985

Editor

Elsevier

Fecha

2023

Derechos

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Formato

PDF

Extent

11 p.

Idioma

Inglés

Tipo

Artículo

Identificador

10.1016/j.jsb.2023.107985

Document Item Type Metadata

Original Format

PDF
Fecha de agregación
September 20, 2023
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Etiquetas
, ,
Citación
Klein, Florencia, “The SIRAH force field : a suite for simulations of complex biological systems at the coarse-grained and multiscale levels,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed April 16, 2024, https://riquim.fq.edu.uy/items/show/6699.
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