Generating EST libraries : trans-spliced cDNAs

Dublin Core

Título

Generating EST libraries : trans-spliced cDNAs

Tema

GENÉTICA
BIOQUÍMICA
BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUÍMICA

Abstract

Eukaryotes using trans-splicing for transcript processing incorporate a taxon-specific sequence tag (the spliced leader, SL) to a proportion (either all or a fraction) of their mRNAs. This feature may be exploited for the preparation of full-length-enriched cDNA libraries from these organisms (a diverse group including euglenozoa and dinoflagellates, aswell asmembers from five metazoan phyla: Cnidaria, Rotifera,Nematoda, Platyhelminths and Chordata). The strategy has indeed been widely used to construct cDNA libraries for the generation of ESTs, mainly from parasitic euglenozoa and helminths. We describe a set of optimised protocols to prepare directional SL-cDNA libraries; the method involves PCR-amplification of SL-cDNA and its subsequent cloning in a plasmid vector under a specific orientation. It uses small amounts of total RNA as starting material and may be applied to a variety of samples. The approach permits the selective cloning of mRNAs tagged with a particular SL from mixtures including large amounts of non-trans-spliced mRNAs. Thus, it allows exclusion of host contamination when isolating SL-cDNAs from parasitic organisms, and has other potential applications, such as the characterisation of the trans-spliced transcriptome from organisms in mixed pools of species.

Autor

Maizels, Rick M.

Fuente

Methods in Molecular Biology v. 533, nºESTs, 2009. -- p-125-151

Editor

Springer

Fecha

2009

Derechos

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Formato

PDF

Idioma

Ingles

Tipo

Artículo

Identificador

DOI 10.1007/978-1-60327-136-3_7
Fecha de agregación
March 10, 2014
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Etiquetas
Citación
Fernández, Cecilia, “Generating EST libraries : trans-spliced cDNAs,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed December 13, 2019, http://riquim.fq.edu.uy/items/show/1295.
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