Generating EST libraries : trans-spliced cDNAs

Generating EST libraries : trans-spliced cDNAs

GENÉTICA

BIOQUÍMICA

BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUÍMICA

Eukaryotes using trans-splicing for transcript processing incorporate a taxon-specific sequence tag (the spliced leader, SL) to a proportion (either all or a fraction) of their mRNAs. This feature may be exploited for the preparation of full-length-enriched cDNA libraries from these organisms (a diverse group including euglenozoa and dinoflagellates, aswell asmembers from five metazoan phyla: Cnidaria, Rotifera,Nematoda, Platyhelminths and Chordata). The strategy has indeed been widely used to construct cDNA libraries for the generation of ESTs, mainly from parasitic euglenozoa and helminths. We describe a set of optimised protocols to prepare directional SL-cDNA libraries; the method involves PCR-amplification of SL-cDNA and its subsequent cloning in a plasmid vector under a specific orientation. It uses small amounts of total RNA as starting material and may be applied to a variety of samples. The approach permits the selective cloning of mRNAs tagged with a particular SL from mixtures including large amounts of non-trans-spliced mRNAs. Thus, it allows exclusion of host contamination when isolating SL-cDNAs from parasitic organisms, and has other potential applications, such as the characterisation of the trans-spliced transcriptome from organisms in mixed pools of species.

Methods in Molecular Biology v. 533, nºESTs, 2009. -- p-125-151

Springer

2009

Información sobre Derechos de Autor (Por favor lea este aviso antes de abrir los documentos u objetos) La legislación uruguaya protege el derecho de autor sobre toda creación literaria, científica o artística, tanto en lo que tiene que ver con sus derechos morales, como en lo referente a los derechos patrimoniales con sujeción a lo establecido por el derecho común y las siguientes leyes (LEY 9.739 DE 17 DE DICIEMBRE DE 1937 SOBRE PROPIEDAD LITERARIA Y ARTISTICA CON LAS MODIFICACIONES INTRODUCIDAS POR LA LEY DE DERECHO DE AUTOR Y DERECHOS CONEXOS No. 17.616 DE 10 DE ENERO DE 2003, LEY 17.805 DE 26 DE AGOSTO DE 2004, LEY 18.046 DE 24 DE OCTUBRE DE 2006 LEY 18.046 DE 24 DE OCTUBRE DE 2006) ADVERTENCIA - La consulta de este documento queda condicionada a la aceptación de las siguientes condiciones de uso: Este documento es únicamente para usos privados enmarcados en actividades de investigación y docencia. No se autoriza su reproducción con fines de lucro. Esta reserva de derechos afecta tanto los datos del documento como a sus contenidos. En la utilización o cita de partes debe indicarse el nombre de la persona autora.

PDF

Ingles

Artículo

DOI 10.1007/978-1-60327-136-3_7