Strong shift in the diazotrophic endophytic bacterial community inhabiting rice (Oryza sativa) plants after flooding

Dublin Core

Título

Strong shift in the diazotrophic endophytic bacterial community inhabiting rice (Oryza sativa) plants after flooding

Tema

NITROGENO
ARROZ
MICROBIOLOGIA
BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUIMICA
2015

Abstract

Flooding impacts soil microbial communities, but its effect on endophytic communities has rarely been explored. This work addresses the effect of flooding on the abundance and diversity of endophytic diazotrophic communities on rice plants established in a greenhouse experiment. The nifH gene was significantly more abundant in roots after flooding, whereas the nifH gene copy numbers in leaves were unaffected and remained low. The PCA (principal component analysis) of T-RFLP (terminal restriction fragment length polymorphism) profiles indicated that root communities of replicate plots were more similar and diverse after flooding than before flooding. The nifH libraries obtained by cloning and 454 pyrosequencing consistently showed a remarkable shift in the diazotrophic community composition after flooding. Gammaproteobacteria (66–98%), mainly of the genus Stenotrophomonas, prevailed in roots before flooding, whereas Betaproteobacteria was the dominant class (26–34%) after flooding. A wide variety of aerotolerant and anaerobic diazotrophic bacteria (e.g. Dechloromonas, Rhodopseudomonas, Desulfovibrio, Geobacter, Chlorobium, Spirochaeta, Selenomonas and Dehalobacter) with diverse metabolic traits were retrieved from flooded rice roots. These findings suggest that endophytic communities could be significantly impacted by changes in plant–soil conditions derived from flooding during rice cropping.

Autor

Ferrando, Lucía

Editor

Oxford Journals

Fecha

2015

Derechos

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Formato

PDF

Idioma

Inglés

Tipo

Artículo

Identificador

DOI: http://dx.doi.org/10.1093/femsec/fiv104

Document Item Type Metadata

Original Format

PDF
Fecha de agregación
February 23, 2016
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Etiquetas
, ,
Citación
Ferrando, Lucía, “Strong shift in the diazotrophic endophytic bacterial community inhabiting rice (Oryza sativa) plants after flooding,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed May 31, 2020, http://riquim.fq.edu.uy/items/show/3685.
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