Analysis of cyclosporin A and a set of analogs as inhibitors of a T. cruzi cyclophilin by docking and molecular dynamics

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Título

Analysis of cyclosporin A and a set of analogs as inhibitors of a T. cruzi cyclophilin by docking and molecular dynamics

Tema

ENFERMEDAD DE CHAGAS
QUIMIOTERAPIA
CICLOSPORINAS
TRIPANOSOMA CRUZI
BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUIMICA
2016

Abstract

Cyclophilins (CyPs) are enzymes involved in protein folding. In Trypanosoma cruzi (T. cruzi), the most abundantly expressed CyP is the isoform TcCyP19. It has been shown that TcCyP19 is inhibited by the immunosuppressive drug cyclosporin A (CsA) and analogs, which also proved to have potent trypanosomicidal activity in vitro. In this work, we continue and expand a previous study on the molecular interactions of CsA, and a set of analogs modeled in complexes with TcCyP19. The modeled complexes were used to evaluate binding free energies by molecular dynamics (MD), applying the Linear Interaction Energy (LIE) method. In addition, putative binding sites were identified by molecular docking. In our analysis, the binding free energy calculations did not correlate with experimental data. The heterogeneity of the non-bonded energies and the variation in the pattern of hydrogen bonds suggest that the systems may not be suitable for the application of the LIE method. Further, the docking calculations identified two other putative binding sites with comparable scoring energies to the active site, a fact that may also explain the lack of correlation found. Kinetic experiments are needed to confirm or reject the multiple binding sites hypothesis. In the meantime, MD simulations at the alternative sites, employing other methods to compute binding free energies, might be successful at finding good correlations with the experimental data.

Fuente

Journal of Biomolecular Structure & Dynamics v. 34, no. 2, 2016. -- p. 399-413

Editor

Taylor & Francis

Fecha

2016

Derechos

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Formato

PDF

Idioma

Inglés

Tipo

Artículo

Identificador

doi: 10.1080/07391102.2015.1038584

Document Item Type Metadata

Original Format

PDF
Fecha de agregación
May 4, 2016
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Etiquetas
, , ,
Citación
Carraro, R., “Analysis of cyclosporin A and a set of analogs as inhibitors of a T. cruzi cyclophilin by docking and molecular dynamics,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed May 27, 2018, http://riquim.fq.edu.uy/items/show/3943.
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