Structural insights into human microsomal epoxide hydrolase by combined homology modeling, molecular dynamics simulations and molecular docking calculations

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Título

Structural insights into human microsomal epoxide hydrolase by combined homology modeling, molecular dynamics simulations and molecular docking calculations

Abstract

A new homology model of human microsomal epoxide hydrolase was derived based on multiple templates. The model obtained was fully evaluated, including MD simulations and ensemble-based docking, showing that the quality of the structure is better than that of only previously known model. Particularly, a catalytic triad was clearly identified, in agreement with the experimental information available. Analysis of intermediates in the enzymatic mechanism led to the identification of key residues for substrate binding, stereoselectivity, and intermediate stabilization during the reaction. In particular, we have confirmed the role of the oxyanion hole and the conserved motif (HGXP) in epoxide hydrolases, in excellent agreement with known experimental and computational data on similar systems. The model obtained is the first one that fully agrees with all the experimental observations on the system.

Autor

Katz, Aline
Pérez Kempner, María Lucía
Vázquez, Marta

Fuente

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics v. 85, no. 4, 2017. -- p. 720-730

Editor

Wiley

Fecha

2017

Derechos

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Formato

PDF

Idioma

Inglés

Tipo

Artículo

Identificador

DOI: 10.1002/prot.25251

Document Item Type Metadata

Original Format

PDF
Fecha de agregación
March 23, 2018
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Etiquetas
,
Citación
Saenz Méndez, Patricia, “Structural insights into human microsomal epoxide hydrolase by combined homology modeling, molecular dynamics simulations and molecular docking calculations,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed September 29, 2020, http://riquim.fq.edu.uy/items/show/4898.
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