Combined molecular modelling and 3D-QSAR study for understanding the inhibition of NQO1 by heterocyclic quinone derivatives

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Título

Combined molecular modelling and 3D-QSAR study for understanding the inhibition of NQO1 by heterocyclic quinone derivatives

Tema

AGENTES ANTITUMORALES
MODELADO MOLECULAR
QUINONA OXIDORREDUCTASA
NAFTOQUINONAS
BIBLIOGRAFIA NACIONAL QUIMICA
2018

Abstract

A combination of three-dimensional quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR), and molecular modelling methods were used to understand the potent inhibitory NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 (NQO1) activity of a set of 52 heterocyclic quinones. Molecular docking results indicated that some favourable interactions of key amino acid residues at the binding site of NQO1 with these quinones would be responsible for an improvement of the NQO1 activity of these compounds. The main interactions involved are hydrogen bond of the amino group of residue Tyr128, π-stacking interactions with Phe106 and Phe178, and electrostatic interactions with flavin adenine dinucleotide (FADH) cofactor. Three models were prepared by 3D-QSAR analysis. The models derived from Model I and Model III, shown leave-one-out cross-validation correlation coefficients (q2LOO ) of .75 and .73 as well as conventional correlation coefficients (R2 ) of .93 and .95, respectively. In addition, the external predictive abilities of these models were evaluated using a test set, producing the predicted correlation coefficients (r2pred ) of .76 and .74, respectively. The good concordance between the docking results and 3D-QSAR contour maps provides helpful information about a rational modification of new molecules based in quinone scaffold, in order to design more potent NQO1 inhibitors, which would exhibit highly potent antitumor activity.

Autor

López Lira, Claudia
Alzate Morales, Jans H.
Paulino, Margot.
Mella Raipán, Jaime
Salas, Cristian O.
Tapia, Ricardo A.
Soto Delgado, Jorge

Fuente

Chemical Biology and Drug Design  v. 91, no. 1, 2018. -- p. 29-38

Editor

Wiley

Fecha

2018

Derechos

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Formato

PDF

Idioma

Inglès

Tipo

Artículo

Identificador

DOI:10.1111/cbdd.13051

Document Item Type Metadata

Original Format

pdf
Fecha de agregación
November 20, 2018
Colección
Bibliografía Nacional Química
Tipo de Elemento
Document
Etiquetas
, , ,
Citación
López Lira, Claudia, “Combined molecular modelling and 3D-QSAR study for understanding the inhibition of NQO1 by heterocyclic quinone derivatives,” RIQUIM - Repositorio Institucional de la Facultad de Química - UdelaR, accessed August 20, 2019, http://riquim.fq.edu.uy/items/show/5403.
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